Terbentuknya UI diawali dengan didirikannya Sekolah Ilmu Kesehatan & Vaksin (Opleiding van eleves voor de genees-en helkunde en vaccine) pada tahun 1849 untuk menghasilkan asisten dokter yang bertujuan untuk melakukan perawatan tingkat dasar yang berdurasi 2 tahun.

Baru pada tahun 1898, Sekolah khusus untuk melatih tenaga medis didirikan dengan nama STOVIA (School tot Opleiding van Indishe Artsen) dengan durasi 9 tahun (3 tahun SMP, 3 Tahun SMA, dan 3 Tahun setara diploma).

Pada tahun 1927 STOVIA berubah menjadi GHS (Geneeskundige Hogeschool). yang kemudian gedung pendidikan GSH dijadikan gedung Fakultas Kedokteran UI.

Pada 2 Februari 1950 secara resmi UI diresmikan dan beroperasi dengan rektor pertama pada saat itu adalah Ir.R.M.Pandji Soerachman Tjokroadisoerio yang kemudian tanggal 2 Februari dijadikan hari kelahiran UI.